La estructura organizativa de BAIKARA FEDERAZIOA se sustenta en dos pilares fundamentales:

1.-  El asociacionismo del colectivo de madres y padres del alumnado de la  Escuela Pública de Gipuzkoa, que se canaliza a través de las Asociaciones de Madres y Padres (AMPA) de los colegios públicos de Gipuzkoa.

Información y contacto de las AMPA de Gipuzkoa

Las AMPA federadas en BAIKARA pueden participar en la gestión y toma de decisiones de la Federación a través de las siguientes vías de participación:

• Asamblea General

Es el órgano principal de decisión de la Federación, ya que es competente para la adopción de los siguientes acuerdos: plan de gestión de actividades, presupuesto económico, nombramiento de la Junta Directiva, modificación de estatutos, aprobar la federación de nuevas AMPA, etc.

Tienen derecho a participar todas las AMPA federadas y se reúne de forma ordinaria una vez al año. Estos últimos años se ha establecido como lugar de celebración la localidad de Zarautz y como fecha habitual la del primer sábado del mes de Noviembre.

• Junta Directiva
• Reuniones zonales

Con el fin de procurar un contacto más directo con las AMPA y posibilitar un marco para canalizar sus opiniones y propuestas,  BAIKARA FEDERAZIOA organiza a lo largo del curso tres reuniones zonales, que habitualmente se celebran los meses de Septiembre, Enero y Mayo. En estas reuniones se informa sobra la actualidad educativa, así como se abordan aquellos temas que puedan ser de interés para las AMPA. Asimismo pueden servir como punto de encuentro e intercambio de las AMPA de una misma zona. Para facilitar la participación de las AMPA, estas reuniones se celebran en nueve localidades del territorio de Gipuzkoa: Arrasate, Azpeitia, Donostia, Eibar, Errenteria, Irún, Lasarte, Ordizia y Zarautz.

2.-  Estructura de gestión formada por el personal laboral  de la Federación