La estructura organizativa de BAIKARA FEDERAZIOA se sustenta en dos pilares fundamentales:

1.-  El asociacionismo del colectivo de madres y padres del alumnado de la  Escuela Pública de Gipuzkoa, que se canaliza a través de las Asociaciones de Madres y Padres (AMPA) de los colegios públicos de Gipuzkoa.

Información y contacto de las AMPA de Gipuzkoa

Las AMPA federadas en BAIKARA pueden participar en la gestión y toma de decisiones de la Federación a través de las siguientes vías de participación:

• Asamblea General

Es el órgano principal de decisión de la Federación, ya que es competente para la adopción de los siguientes acuerdos: plan de gestión de actividades, presupuesto económico, nombramiento de la Junta Directiva, modificación de estatutos, aprobar la federación de nuevas AMPA, etc.

2.-  Estructura de gestión formada por el personal laboral  de la Federación