BAIKARA FEDERAZIOko antolakuntzaren egiturak ezinbesteko bi zutabetan du oinarri:

1.-  Gipuzkoako Eskola Publikoko ikasleen guraso taldearen asoziazionismoa, Gipuzkoako eskola publikoen Guraso Elkarteen (IGE) bidez bideratua izanik.

Gipuzkoako IGEen informazioa eta harremana

BAIKARAn federatutako IGEek, Federazioko kudeaketan eta erabaki hartzean parte har dezakete ondorengo parte-hartze moduen bitartez:

• Batzar Orokorra

Federazioko erabakitze organo nagusia da, ondorengo akordioak hartzeko gai baita: ekintzen kudeaketa plana, aurrekontu ekonomikoa, Zuzendaritza Batzordeko izendatzea, estatutuen aldaketa, IGE berrien federatzea onartzea, etab.

2.-  Federazioko langileengandik  osatutako kudeaketaren egitura.