La Junta Directiva está integrada por madres y padres voluntarios-as propuestos por las propias AMPAs y elegidos por la Asamblea General. Su labor es la llevar a la práctica el plan de actividades y la adopción de  aquellos acuerdos y decisiones que requiera el día a día de la gestión de la Federación, así como ejercer su representación.

La composición actual de la Junta Directiva es la siguiente: