Es el órgano principal de decisión de la Federación, ya que es competente para la adopción de los siguientes acuerdos: plan de gestión de actividades, presupuesto económico, nombramiento de la Junta Directiva, modificación de estatutos, aprobar la federación de nuevas AMPAs, etc.

Tienen derecho a participar todas las AMPAs federadas y se reúne de forma ordinaria una vez al año. Estos últimos años se ha establecido como lugar de celebración la localidad de Zarautz y como fecha habitual la del primer sábado del mes de Noviembre.